Я знаю, что уже есть некоторые связанные ответы, но мой файл более сложен для обработки, и я ценю вашу помощь!
Чтобы прочитать все столбцы следующего файла .txt:
chr1 123456 A G "exonic" "geneA" "nonsynonymous SNV" "CNTN5:NM_175566:exon11:c.A1366G:p.I456V,CNTN5:NM_001243270:exon13:c.A1588G:p.I530V" "0.1004" 10.68 . . 0.2023 0.3004 2.091
chr2 345678 A C "intronic" "geneB" . . 0.06 12.04 . . 0.5046 0.1004 8.046
хитроумно то, что в txt-файле есть столбцы со значениями, заключенными в кавычки с символом "" или без ""
, когда я пытался
d <- read.table("my.txt",header = F)
, он считывал только 10 столбцов, в то время какисходный файл имеет 15 столбцов,
Я проверил исходный файл, ровно последние пять столбцов были пропущены в процессе чтения
, в этом примере отсутствующие столбцы
. . 0.2023 0.3004 2.091
. . 0.5046 0.1004 8.046
тогда я попытался
d2 <- read.table("my.txt",quote = "",header = F)
тогда он предупредил "строка 1 не имеет 15 элементов
Я хотел бы, чтобы все данные (строки и столбцы) были правильно прочитаны, как я долженсделать для достижения этой цели?
Спасибо! Я ценю ваш ответ!