Не существует полностью удовлетворительного способа: для этого потребуется знание PyCharm API SCons, который является запрошенной функцией (но еще не запрошен для запуска какого-либо действия, я слышал, что требуется гораздо больше голосов, чем это):
https://youtrack.jetbrains.com/issue/PY-10591
Вы можете улучшить ситуацию, научив PyCharm, что SConstruct и SConscript являются Python файлами, или назвав свои файлы сценариев суффиксом .py (SCons автоматически распознает несколько синонимов для SConstruct, включая SConstruct.py). По крайней мере, тогда будет работать обычный Python материал, но он не будет знать о функциях SCons - возможно, если вы включите копию scons для локальной установки в дерево своего проекта, я никогда не пробовал это явно.