ошибка BAM при добавлении случайного эффекта: данные должны быть data.frame - PullRequest
Новая
       17

ошибка BAM при добавлении случайного эффекта: данные должны быть data.frame

0 голосов
/ 09 марта 2020

У меня есть фрейм данных с 365814 наблюдениями, которые я хочу использовать для подбора GAMM с mgcv. Работает следующий код: 

Speed_model_test <- bam(mean_dist~ habitat_type2 +
                          s(Forest_density, bs="cr") +
                          s(Ruggedness, bs="cr") +
                          Hunting_in_season + 
                          Winter_enclosure_yes_no +
                          sex,
                          data = red_deer_15_min2,
                          link = gaussian(type="log"))

Однако, как только я добавляю случайный эффект для разных людей в наборе данных, я получаю ошибку при подборе модели с тем же самым фреймом данных: 

Speed_model_test <- bam(mean_dist~ habitat_type2 +
                          s(Forest_density, bs="cr") + 
                          s(Ruggedness, bs="cr") +
                          Hunting_in_season + 
                          Winter_enclosure_yes_no +
                          sex + 
                          s(individual.local.identifier, bs="re"),  
                        data = red_deer_15_min2, 
                        link = gaussian(type="log"))

Error in model.matrix.formula(form, data) : data must be a data.frame

dput для подмножества 20 строк кадра данных; 

structure(list(individual.local.identifier = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("287", "288"), class = "factor"), 
sex = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("f", 
"m"), class = "factor"), Winter_enclosure_yes_no = structure(c(2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("Enclosure", "Not_in_enclosure"
), class = "factor"), habitat_type2 = structure(c(2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
1L, 2L, 1L, 1L), .Label = c("Forest broadleaved", "Forest mixed"
), class = "factor"), Forest_density = c(89, 89, 89, 85, 
89, 78, 89, 78, 78, 85, 82, 88, 92, 92, 84, 79, 81, 82, 78, 
91, 91), Elevation = c(812.71819639231, 812.71819639231, 
812.71819639231, 814.688653270534, 812.71819639231, 810.163842873485, 
812.71819639231, 810.863673487378, 810.863673487378, 819.792779240948, 
875.486756577389, 875.486756577389, 871.090551232063, 870.898053814855, 
867.046446166005, 884.955026288904, 892.296706081018, 891.967052125287, 
894.643926600538, 891.967052125287, 891.967052125287), Ruggedness = c(1.70343459848473, 
1.70343459848473, 1.70343459848473, 1.55689594664619, 1.70343459848473, 
1.82170429946155, 1.70343459848473, 2.83758431946717, 2.83758431946717, 
3.09308072656422, 3.5744549073835, 3.5744549073835, 3.63864413714904, 
3.42917788317389, 3.68377637029529, 3.30551491495578, 2.60185283715349, 
2.77726377967515, 2.53177892113446, 2.77726377967515, 2.77726377967515
), Hunting_in_season = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L
), .Label = c("no", "yes"), class = "factor"), Day_of_year = c(67, 
67, 67, 67, 67, 67, 67, 67, 67, 67, 19, 19, 19, 19, 19, 19, 
19, 19, 19, 19, 19), mean_dist = c(11.5347165418407, 6.54004030266076, 
13.286684066724, 21.4957340806599, 32.7032985028738, 39.4752350759861, 
141.139924385665, 123.388962245111, 23.9520420806201, 49.7366465519833, 
12.221956345304, 29.4937937417243, 23.1460769378941, 13.9594085803245, 
69.5344965200506, 109.013360897755, 69.5396750161732, 31.5522698537152, 
24.0577391677004, 15.2614245150277, 17.847702176831)), row.names = c(2L, 
3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 3145L, 3146L, 3147L, 3148L, 
3149L, 3150L, 3151L, 3152L, 3153L, 3154L, 3155L), class = "data.frame")

Что может вызвать эту ошибку и как ее можно решить?

Большое спасибо заранее!

...