Работает ли код после выполнения grails clean
в Windows?
Интересно, если вы произвели рефакторинг, и у вас все еще есть старая версия в каталоге классов? В противном случае проверьте регистр файлов .class с тем, что вы ожидаете (как предложил Джон У.).
Имейте в виду, что файловые системы Linux обычно чувствительны к регистру, а Windows - нет (в любом случае, по умолчанию).
Не могли бы вы опубликовать исключение, которое вы видите?