Вы можете добавить следующее shebang в первую строку вашего скрипта Groovy:
#!/usr/bin/env groovy -cp ojdbc5.jar
Затем отметьте исполняемый файл скрипта:
chmod u+x RunScript.groovy
Теперь, когда скрипт запускается сам по себе, он автоматически устанавливает classpath.
./RunScript.groovy