Yep graphviz является де-факто инструментом для этого. Вам не нужно смотреть дальше. Просто используйте ваш язык программирования, чтобы выложить файл точек, который описывает вашу сеть. Вы можете перейти к программному определению графиков, используя graphviz, но это уже другая проблема.
Точечные файлы хороши и просты, каждый может написать один.