Не удалось импортировать `pydot` при использовании Keras / KerasR - PullRequest
Новая
       21

Не удалось импортировать `pydot` при использовании Keras / KerasR

0 голосов
/ 07 февраля 2020

Я пытаюсь построить нейронную сеть, используя kerasR, но получаю python ошибку импорта. 

library(keras)
NN_units = 5
NN_model <- keras_model_sequential() %>% 
  layer_dense(units = NN_units, activation = 'relu', input_shape = NN_units) %>% 
  layer_dense(units = 2, activation = 'softmax')

library(kerasR)
plot_model(NN_model, to_file = "plot/NN_architecture.png")

Ошибка: 

>  Error in py_call_impl(callable, dots$args, dots$keywords) :   
> ImportError: Failed to import `pydot`. Please install `pydot`. For
> example with `pip install pydot`. 
> 6. stop(structure(list(message = "ImportError: Failed to import `pydot`. Please install `pydot`. For example with `pip install
> pydot`.", 
>     call = py_call_impl(callable, dots$args, dots$keywords), 
>     cppstack = structure(list(file = "", line = -1L, stack = c("/usr/local/lib/R/site-library/reticulate/libs/reticulate.so(Rcpp::exception::exception(char const*, bool)+0x7a) [0x7fc490fe1aba]", 
>     "/usr/local/lib/R/site-library/reticulate/libs/reticulate.so(Rcpp::stop(std::__cxx11::basic_string<char,
> std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&)+0x27)
> [0x7fc490fe1c17]",  ... 
> 5.
> _check_pydot at vis_utils.py#22
> 4. model_to_dot at vis_utils.py#79
> 3. plot_model at vis_utils.py#240
> 2. modules$keras.utils$plot_model(model = model, to_file = to_file, 
>     show_shapes = show_shapes, show_layer_names = show_layer_names) 
> 1. plot_model(NN_model, to_file = "plot/NN_architecture.png")

Я попытался запустить :

  • !pip install pydot от терминала.
  • conda install pydot и conda install pydotplus
  • py_install("pydot")

Который устанавливает пакет, но когда я пытаюсь запустить plot_model(NN_model, to_file = "plot/NN_architecture.png") снова, я получаю ту же ошибку. 

> py_config()
python:         /home/USER/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/bin/python
libpython:      /home/USER/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/lib/libpython3.6m.so
pythonhome:     /home/USER/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate:/home/msmith/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate
version:        3.6.10 |Anaconda, Inc.| (default, Jan  7 2020, 21:14:29)  [GCC 7.3.0]
numpy:          /home/USER/.local/lib/python3.6/site-packages/numpy
numpy_version:  1.18.1
...