Обновление вашей рабочей копии Subversion обычно не опасно. Однако, если ваши локальные незафиксированные изменения вступают в конфликт с изменениями, поступающими из хранилища, вам нужно будет разрешить эти конфликты. Если у вас есть сомнения по поводу вашего опыта в управлении версиями, сделайте резервную копию вашей рабочей копии.
Кстати, я не знаю, предоставляют ли плагины SVN для Eclipse достойные и современные средства разрешения конфликтов. Я думаю, что эти плагины не поддерживают современный интерфейс разрешения конфликтов SVN, и использование клиента svn.exe для разрешения потенциальных конфликтов в интерактивном режиме может быть предпочтительным вариантом.