В соответствии с do c,
In cases where a given property key exists in more than one .properties file,
the last @PropertySource annotation processed will 'win' and override.
Я думаю, что лучшим подходом было бы использование профиля, если он соответствует вашему варианту использования. Ссылка здесь объясняет, как довольно аккуратно добавлять профили. Вы можете проверить это.
Другой подход, который я хотел бы предложить, если вы считаете, что добавление профиля не является правильным выбором, вы можете сделать его передаваемым как переменные окружения. Это дает вам возможность изменять его по мере необходимости, а также вы можете указать значение по умолчанию для переменных среды.