Вы не можете встроить свой сервер Python в приложение AIR. В общем, вам не повезло.
Самым простым решением, вероятно, является запуск сервера в центральном месте, к которому все ваши пользователи могут подключаться из своих приложений AIR. Это означает, что все / большая часть данных будет на вашем сервере, а не на компьютере пользователя, я не знаю, является ли это большой проблемой, но я предполагаю, что это так.
Также, в зависимости от ваших целевых систем, вы можете создать нужную вам программу без (полностью) в зависимости от AIR. Вы можете сгенерировать исполняемые файлы для Windows и OSX из Flash CS3 / 4, или вы можете использовать специальный (коммерческий) исполняемый файл-производитель, который предоставляет некоторые дополнительные функции. Обернуть этот exe-файл и вашу программу на python в мета-исполняемый файл, который запускает оба, можно с некоторой работой. Конечно, в этом случае у вас не будет никаких преимуществ, если вы установщик AIR и т. Д.