Если у вас есть служба systemd, вы можете сделать это следующим образом с параметром Environment:
[Unit]
Requires=network.target remote-fs.target
After=network.target remote-fs.target
[Service]
Type=simple
User=kafka
ExecStart=/bin/sh -c 'zookeeper-server-start zookeeper.properties > /var/log/zookeeper.log 2>&1'
ExecStop=zookeeper-server-stop
Restart=on-abnormal
Environment="JMX_PORT=9998"
[Install]
WantedBy=multi-user.target