Если вы нашли контуры, их можно просто заполнить выпуклым поли.
cv2.fillConvexPoly(binary_image, np.array(rect['boundary'], 'int32'), 255)
Вам придется настроить эту строку для работы с собственным кодом, но просто передать это указатель на контур, который вы хотите заполнить, и он заполнит его желаемым цветом.