Убедитесь, что у вас есть как минимум 2 ветки в git хабе, в котором есть полные данные.
Когда вы удаляете файлы из вашей ветки при попытке зафиксировать, эти файлы будут не отслежены. Если по ошибке вы запускаете git commit - am
Когда вы фиксируете, эти файлы также будут удаляться из основной ветви.
Каждый раз, когда вам нужно извлечь код из github из основной ветви, создайте новую фиксацию ветви, pu sh, объедините в новую ветку, а затем удалите файлы. Это зависит от того, как часто вы их удаляете. Фактически, когда вы извлекаете данные, вы сталкиваетесь с той же проблемой.
Вместо того, чтобы создавать одно репо, создайте несколько репо, чтобы впоследствии вы могли интегрировать свой код. Таким образом, вы можете удалить, как я предложил выше.