Как сохранить UID при сохранении файла DICOM с помощью SimpleITK? - PullRequest
Новая
       114

Как сохранить UID при сохранении файла DICOM с помощью SimpleITK?

3 голосов
/ 31 января 2020

Я пытаюсь прочитать один файл DICOM с помощью SimpleITK и сохранить его в другом месте. Я заметил, что Series Instance UID изменяется независимо от того, что я его явно устанавливаю.

Как сохранить исходный UID? 

from pathlib import Path
import SimpleITK as sitk

dicom_path = '......'
p = Path(dicom_path)

reader = sitk.ImageFileReader()
reader.SetFileName(str(p))
reader.LoadPrivateTagsOn()

image = reader.Execute()
print('Series Instance UID', image.GetMetaData('0020|000e'))
print('SOP Instance UID', image.GetMetaData('0008|0018'))
image.SetMetaData('0020|000e', image.GetMetaData('0020|000e'))

writer = sitk.ImageFileWriter()
writer.SetFileName(out_folder+case+p.name)
writer.SetUseCompression(False)
writer.Execute(image)

reader = sitk.ImageFileReader()
reader.SetFileName(out_folder+case+p.name)
reader.LoadPrivateTagsOn()

image = reader.Execute()
print('Series Instance UID', image.GetMetaData('0020|000e'))
print('SOP Instance UID', image.GetMetaData('0008|0018'))

Предоставляет две разные строки для серийных UID. UID SOP остаются прежними, хотя: 

Series Instance UID 1.3.12.2.1107.5.1.4.74141.30000017013107011409700014483
SOP Instance UID 1.3.12.2.1107.5.1.4.74141.30000017013107011409700014570

Series Instance UID 1.2.826.0.1.3680043.2.1125.1.65790274925978549485969544082687134
SOP Instance UID 1.3.12.2.1107.5.1.4.74141.30000017013107011409700014570

1 Ответ

3 голосов
/ 31 января 2020

Хотя я никогда не использовал инструментарий, поведение инструментария странное. Некоторые атрибуты должны быть изменены, если данные пикселей изменены; UID экземпляра SOP наиболее важен в этом случае.

Но в вашем случае данные пикселей не изменяются. Кроме того, изменяется только UID экземпляра серии; UID экземпляра SOP не изменяется.

В любом случае, инструментарий предоставляет способ сохранить UID при записи набора данных DICOM. Пожалуйста, обратитесь к KeepOriginalImageUIDOn члену для получения более подробной информации.

Self & itk :: simple :: ImageFileWriter :: KeepOriginalImageUIDOn (void)
Использование исходное исследование / серия / система отсчета.

Эти методы устанавливают / получают / переключают флаг KeepOriginalImageUID, который передается в объект изображения itk :: ImageIO файла. Это относится только к формату файла DICOM, настраивая программу записи на использование информации в словаре метаданных изображения или для создания новых значений исследования / серии / системы отсчета.

Определение в строке 134 файла sitkImageFileWriter .h.

Этот инструктивный инструментарий сохранит исходные идентификаторы UID при записи набора данных.

...