Ошибки при вязании RMarkdown до HTML (в HTML нет графиков) - PullRequest
Новая
       4

Ошибки при вязании RMarkdown до HTML (в HTML нет графиков)

1 голос
/ 08 января 2020

Вопрос о вязании RMarkdown.

У меня возникают проблемы при вязании файла Rmarkdown в HTML / pdf. Когда я запускаю свои фрагменты кода в файле Rmarkdown, все идет гладко (и я получаю свои графики, созданные с помощью ggplot), но при вязании я получаю вывод без графиков и ошибок (ошибка в eval, ошибка в ggplot, ошибка в печати). У кого-нибудь есть опыт с этим?

Ошибки:

Ошибка в eval (lhs, parent): объект 'iso3166' не найден

Ошибка в ggplot (inci_100k, aes (long, lat, map.id = mapname, fill = inci)): объект 'inci_100k' не найден

Ошибка в печати (INCIPLOT) : объект 'INCIPLOT' не найден

Код: 

---
title: "R Markdown MAP"
author: "Alexandra V"
date: "1/4/2020"
output:
  html_document: default
  pdf_document: default
  word_document: default
---
```{r,echo = FALSE, warning = FALSE, message=FALSE, error=TRUE}
knitr::opts_chunk$set(cache=TRUE)
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
knitr::opts_chunk$set(error = TRUE)
```

Loading the packages we will need for the following analysis.
```{r echo=FALSE, warning=FALSE}
library(tidyverse)
library(lubridate)
library(ggmap)
library(countrycode)
library(grid)
library(gridExtra)
```

To only keep the data needed to make a worldmap of TB incidences, only the relevant data will be taken from the TB_burden_countries_2020-01-04.csv file. Column 1: country names, column 3: iso3 (country codes), column 6: years, column 8: e_inc_100k (estimated incidence all TB forms per 100.000). To make the file easier to work with the names of the columns will be changed to: country, code, year and inci respectively. 

```{r, message=FALSE}
TB.burden <- read.csv("TB_burden_countries_2020-01-04.csv")
TBworldINC.map <- as.data.frame(TB.burden[,c(1,3,6,8)], drop=false)
write.csv(TBworldINC.map, 'TBworldINC.map.csv', row.names = FALSE) 
tb.INC <- read_csv("TBworldINC.map.csv") %>%
  setNames(c("country", "code", "year", "inci"))
```

```{r}
world <- map_data("world")
tb_some_years <- tb.INC %>%
  filter(year %in% c(2005, 2010, 2015, 2018))
inci_100k <- tb_some_years %>%
  inner_join(iso3166 %>% select(a3, mapname), by = c(code = "a3")) %>%
  left_join(world, by = c(country = "region"))

INCIPLOT <- ggplot(inci_100k, aes(long, lat, map_id = mapname, 
                                                fill = inci)) +
  geom_map(map = world) +
  scale_fill_gradient(low = "blue", high = "yellow") +
  theme_void() +
  coord_map(xlim = c(-180, 180)) +
  labs(fill = "Incidence per year") +
  facet_wrap(~ year, ncol = 2)
print(INCIPLOT)
```

изображение вывода, полученного в Rstudio

1 Ответ

0 голосов
/ 09 января 2020

У меня были похожие проблемы при создании карт в R. Один из способов - создать ваши графики и сохранить их локально, включая изображения. Синтаксис для добавления изображений в R Markdown:! [Альтернативный текст] (путь к изображению)

...