Можно ли создать тепловую карту, которая будет визуализировать тип совместного появления среди пар генных кластеров (значения X1 и X2 из фрейма данных).
Я уже создал первый анализ с использованием сетей. Я хочу иметь эту тепловую карту с соответствующими типами ассоциаций. Из моего кадра данных я просто хочу создать тепловую карту, которая будет окрашена в соответствии с шаблонами типов ассоциации.
- Я уже создал первую тепловую карту из данных отсутствия-присутствия:
dataframe 1 (Exercpt)
GCF.No | Genome
GCF1135 Streptomyces_sp_MBT23
GCF1135 Streptomyces_sp_MBT4
GCF128 Streptomyces_sp_MBT86
GCF1328 Streptomyces_sp_Hm100
GCF1329 Streptomyces_sp_Hm100
GCF1330 Streptomyces_sp_Hm100
GCF1331 Streptomyces_sp_Hm100
GCF1331 Streptomyces_sp_Hm106
GCF1332 Streptomyces_sp_Hm100
GCF1334 Streptomyces_sp_Hm100
GCF1338 Streptomyces_sp_Hm100
GCF1338 Streptomyces_sp_Hm106
(я уже создал это в двоичную таблицу)
фрагмент кода
image(df) # non-clustered heatmap
my_palette <- colorRampPalette(c("gray", "black"))(n = 299)
plot <- gplots::heatmap.2(df, margins=c(14,15),cexRow=0.57, cexCol=0.73, main =
"GCF Content per Genome", trace="none", Rowv=TRUE, Colv=TRUE, col=my_palette)
Я хотел бы раскрасить в соответствии с типом ассоциации
, но не уверен, как это сделать: Пример данных
X1 | X2 | P(Prob) | Plt | Pgt | Association_Type
GCF2423 GCF1393 0 0.99 0.0007 Positive
GCF2423 GCF1520 0 0.99 0.015 Positive
GCF2423 GCF3487 1 1 0.1 Random
GCF1393 GCF2423 0 1 0.02 Positive
GCF1393 GCF1520 1 0.03 0.99 Negative
GCF1520 GCF1393 0 0.045 0.93 Negative
GCF1520 GCF3517 1 1 0.04 Positive
GCF3487 GCF1520 0 1 0.99 Random
Где
pgt <0,05 = "положительный" plt <0,05 = "отрицательный" </p>
и случайный, если он не попадает в вышеперечисленные категории.
Я бы хотел что-то подобное или что-то подобное аналогично?
