При запуске записной книжки введите:
notebook(dir="/path/to/your/environment/")
Это запустит записную книжку Jupyter с загрузкой среды (Project.toml) в указанную вами директорию. Если в этом каталоге нет Project.toml, будет использоваться среда по умолчанию (глобальная).