Сложно ответить на такой общий вопрос. Я предполагаю, что наиболее очевидное отличие состоит в том, что в JNI преобразование типов реализовано на нативной стороне границы Java / native, а в JNA преобразование типов реализовано в Java. Если вы уже чувствуете себя достаточно комфортно при программировании на C и вам приходится самостоятельно реализовывать некоторый нативный код, я бы предположил, что JNI не покажется слишком сложным. Если вы программист на Java и вам нужно только вызывать стороннюю библиотеку, использование JNA, вероятно, является самым простым способом избежать, возможно, не столь очевидных проблем с JNI.
Несмотря на то, что я никогда не измерял различия, я бы из-за дизайна хотя бы предположил, что преобразование типов с JNA в некоторых ситуациях будет работать хуже, чем с JNI. Например, при передаче массивов JNA преобразует их из Java в native в начале каждого вызова функции и обратно в конце вызова функции. С JNI вы можете контролировать себя при создании собственного «представления» массива, потенциально только создавая представление части массива, сохраняя представление при нескольких вызовах функций и в конце освобождая представление и решая, хотите ли вы сохранить изменения (потенциально требующие копирования данных обратно) или отменить изменения (копирование не требуется). Я знаю, что вы можете использовать собственный массив при вызовах функций с JNA, используя класс Memory, но это также потребует копирования памяти, что может быть ненужным в JNI. Различие может быть несущественным, но если ваша первоначальная цель состоит в том, чтобы повысить производительность приложения путем реализации его частей в собственном коде, использование неэффективной мостовой технологии представляется не самым очевидным выбором.