Полагаю, вам просто нужно разделить цвета на две группы, но при этом разрешить выбирать только один цвет. Другими словами, вы хотите визуально отделить их. Если это так, вы можете создать переменную со списком цветов из одной группы, например, основные цвета:
{%- assign essential_colors = "Red,Green,Blue" | split: "," -%}
После этого продублируйте код, который используется для визуализации образцов цвета. Используйте исходный код только для отображения основных цветов, сопоставив заголовок параметра:
{% for value in option.values %}
{%- if essential_colors contains value -%}
...code to render essential color swatches...
{%- endif -%}
{% endfor %}
..., а затем используйте дублированный код для отображения других цветов:
{% for value in option.values %}
{%- unless essential_colors contains value -%}
...code to render other color swatches...
{%- endunless -%}
{% endfor %}