Как рассчитать сумму из каждого цикла с помощью igraph в R? - PullRequest
Новая
       22

Как рассчитать сумму из каждого цикла с помощью igraph в R?

0 голосов
/ 01 февраля 2020

У меня есть фрейм данных, как показано ниже: 

h = data.frame(fr  = c('A','A','X','E','B','W','C','Y'),
               t   = c('B','E','Y','C','A','X','A','W'),
               Amt = c( 40, 30, 55, 10, 33, 78, 21, 90))

Я нашел всю возможную последовательность вершин, которая начинается с наименьшего номера вершины, с помощью r igraph найти все циклы в качестве ссылки. И результат, как показано ниже: 

[[1]]
A E C A 
1 3 6 1 

[[2]]
A B A 
1 4 1 

[[3]]
X Y W X 
2 7 5 2

Теперь я бы хотел

  • вычислить сумму для каждого цикла

  • количество ребер в каждом цикле

Было бы так:

A - B - A : 40 + 33 = 73; количество ребер: 2

A - E - C - A : 30 + 10 + 21 = 61; количество ребер: 3

X - Y - W - X : 55 + 90 + 78 = 223; число ребер: 3

У кого-нибудь есть идеи использовать R для вычисления? Это было бы очень признательно !!

ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ РЕДАКТИРОВАТЬ ЧАСТЬ

Благодаря ответу я могу рассчитать два элемента выше !! Тем не менее, у меня есть крошечная проблема !!

Я не знаю, в чем проблема, которую я получил, поэтому я не могу правильно рассчитать !! Даже я много раз изменяю.

Это должно быть так: 

[[1]]        [[2]]     [[3]]
A E C A      A B A     X Y W X

  Path            sumAmt numberOfEdges
  <fct>            <dbl>         <int>
1 "A - B - A"         73             2
2 "A - E - C - A"     61             3
3 "X - Y - W - X"    223             3

Но после того, как я вставил свой код, он не может показать первый узел: 

[[1]]        [[2]]     [[3]]
  E C A        B A       Y W X

  Path            sumAmt numberOfEdges
  <fct>            <dbl>         <int>
1 " - B - A"         33             2
2 " - E - C - A"     31             3
3 " - Y - W - X"    168             3

Вот мой код нахождения циклов. Что-то я пропускаю, чтобы вставить ?? 

h = data.frame(fr  = c('A','A','X','E','B','W','C','Y'),
               t   = c('B','E','Y','C','A','X','A','W'),
               Amt = c( 40, 30, 55, 10, 33, 78, 21, 90))

library(igraph)
g <- graph.data.frame(h, directed = TRUE)

Cycles = NULL
for(fr in V(g)) {
  for(t in neighbors(g, fr, mode = "out")) {
    Cycles = c(Cycles, 
    lapply(all_simple_paths(g, t, fr, mode = "out"), function(p)c(fr,p)))
  }
}

LongCycles = Cycles[which(sapply(Cycles, length) > 1)]
LongCycles[sapply(LongCycles, min) == sapply(LongCycles, `[`, 1)]

У кого-нибудь есть идеи? Это было бы полезно !!

1 Ответ

1 голос
/ 01 февраля 2020

Возможно, существует более короткий путь, но при условии, что ваши данные следующие (где h - ваша таблица с суммами, а all_cycles список с циклами) - 

h = data.frame(fr  = c('A','A','X','E','B','W','C','Y'),
               t   = c('B','E','Y','C','A','X','A','W'),
               Amt = c( 40, 30, 55, 10, 33, 78, 21, 90))

all_cycles <- list(
  c(A = 1, E = 3, C = 6, A = 1),
  c(A = 1, B = 4, A = 1),
  c(X = 2, Y = 7, W = 5, X = 2)
)

.. вы можете сделать : 

library(dplyr)

data.frame(
  Nodes = unlist(lapply(all_cycles, names)),
  Path = unlist(lapply(seq_along(all_cycles), 
                       function(x) rep(paste(names(all_cycles[[x]]), collapse = " - "), 
                                       length(all_cycles[[x]]))))
  ) %>%
  group_by(Path) %>%
  mutate(fr = Nodes, t = lead(Nodes)) %>%
  left_join(h) %>%
  summarise(sumAmt = sum(Amt, na.rm = TRUE), numberOfEdges = sum(!is.na(t)))

Чтобы получить: 

# A tibble: 3 x 3
  Path          sumAmt numberOfEdges
  <fct>          <dbl>         <int>
1 A - B - A         73             2
2 A - E - C - A     61             3
3 X - Y - W - X    223             3

Если первое значение всегда не указано в элементах вашего списка, вы можете сделать: 

data.frame(
  Nodes = unlist(lapply(all_cycles, names)),
  id = unlist(lapply(seq_along(all_cycles), 
                       function(x) rep(x, length(all_cycles[[x]])))), stringsAsFactors = FALSE
  ) %>%
  group_by(id) %>% mutate(Nodes = replace(Nodes, Nodes == "", last(Nodes)),
                          Path = paste(Nodes, collapse = " - ")) %>%
  mutate(fr = Nodes, t = lead(Nodes)) %>%
  group_by(Path, id) %>%
  left_join(h) %>%
  summarise(sumAmt = sum(Amt, na.rm = TRUE), numberOfEdges = sum(!is.na(t)))
...