Согласно ?scale
Значение масштаба определяет, как выполняется масштабирование столбца (после центрирования). Если масштаб представляет собой числовой c -подобный вектор с длиной, равной количеству столбцов x, то каждый столбец x делится на соответствующее значение из масштаба. Если масштаб равен ИСТИНА, то масштабирование выполняется путем деления (центрированных) столбцов x на их стандартные отклонения, если центр равен ИСТИНА, а в противном случае root означает квадрат. Если масштаб равен FALSE, масштабирование не выполняется.
В качестве теста мы можем сделать это индивидуально для каждого столбца и в целом
data(mtcars)
out1 <- sapply(mtcars, scale)
out2 <- scale(mtcars)
all.equal(out1, out2, check.attributes = FALSE)
#[1] TRUE
scale
отдельно для каждого столбца