filter_taxa_from_otu_table.py ошибка: обнаружен позиционный аргумент: –i - PullRequest
Новая
       13

filter_taxa_from_otu_table.py ошибка: обнаружен позиционный аргумент: –i

0 голосов
/ 26 февраля 2020

Сценарий:

Я попытался запустить команду с этим руководством http://qiime.org/scripts/filter_taxa_from_otu_table.html ...

И я использовал эту команду ... 

filter_taxa_from_otu_table.py -i table-with-taxonomy.biom -o SRB_filtered_otu_table.biom -p D_3__Desulfobacterales, D_3__Syntrophobacterales, D_5__Desulfosporosinus, D_2__Thermodesulfovibrionia, D_1__Thaumarchaeota, D_2__Nitrososphaeria, D_3__Nitrosopumilales

Проблема:

У меня возникает следующая ошибка в QIIME 1 ... 

Error in filter_taxa_from_otu_table.py: Positional argument detected: D_3__Syntrophobacterales,
 Be sure all parameters are identified by their option name.
 (e.g.: include the '-i' in '-i INPUT_DIR')

Цель:

Я хочу отфильтровать свой OTU таблица на основе таксономии c метаданных для позитивной фильтрации. Все параметры дважды проверяются и идентифицируются по имени их опции в biom.

Спасибо, Ана

...