Я пытаюсь получить результат взрыва, используя команду blast + в терминале bash, используя опцию -remote. Поскольку мне нужно удалить несколько последовательностей фаста из разных файлов, я хотел бы получить результат с определенной категорией c таксонов, связанной с каждым попаданием (аналогично тому, что происходит, когда вы вручную вставляете последовательность фаста в запросе поиска на веб-сайте Blast). ).
Я попробовал:
blastn -db nt -query $file -out result.xml -outfmt "6 qseqid sseqid length evalue staxids sscinames" -remote
, но я получил следующий результат:
644c863d2bd1b9294edcb57f5cf43e72 gi|549140772|emb|HG324451.1| 195 2.84e-82 77133 N/A
Теперь мои вопросы: 1) Как можно избежать результата N / A, связанного с запросом sscinames? 2) Почему staxids является числовым значением, а не таксономической категорией c? Как я могу получить связанный таксономический результат?
Заранее спасибо