Я пытаюсь создать базу данных blast с makeblastdb из последовательностей белка Fasta с пробелами неопределенной длины (-):
Пример:
>Z9JTH6_9MICO/1612-1697
LSAALQLGIE-TR-F-G-G-S-I-G-N-VELDVI-AHPQ-HSGSSAV-L-LS-DSIP-G-GT-GY-LME-L-ASPRR-RRRILVEALDA-LE-A-C-P-C-QDR-RRAACHRCL
Но когда я запускаю код: makeblastdb -in input_file -dbtype 'prot' -out output_file, там написано:
BLAST options error: input_file does not match input format type, default input type is FASTA
Я думаю, что это как-то связано с пробелами неопределенного размера, потому что, когда я изменяю - на X, это не выдает ошибку; но это не то, что я ищу.
Заранее спасибо