Я пытаюсь создать файл базы данных взрыва, используя BLAST + 2.10.0. Я выполнил следующий код, где test.fasta - это тестовый документ, содержащий две нуклеотидные последовательности в формате fasta:
makeblastdb -in test.fasta -parse_seqids -blastdb_version 5 -title "test" -dbtype nucl
Я получаю следующую ошибку:
Error: mdb_env_open: Input/output error
Я дважды проверил тип входного файла, поэтому уверен, что проблема не в этом.
Было высказано предположение, что это может быть проблема с виртуальной памятью, известная в версии Windows Blast +. Я попытался решить эту проблему, вручную изменив выделение виртуальной памяти (https://support.esri.com/en/technical-article/000011346) и добавив новую переменную среды «BLASTDB_LMDB_MAP_SIZE» со значением, установленным на 1000000 (как предлагается здесь: https://www.biostars.org/p/413294/). Ни одно из этих решений не сработало, поэтому я не уверен, почему возникает эта ошибка.
Любая помощь / совет будут очень благодарны.