У самого Wix есть задача MSBuild, так что я думаю, что лучше всего посмотреть, как они это сделали, релевантным источником является Toolset.wxs (Поиск кода Google).
Посмотрите на ту часть, где они определили папку MSBuild:
<DirectoryRef Id="ProgramFilesFolder">
<Directory Id="Dir_MSBuild" Name="MSBuild">
<Directory Id="Dir_MSBuildMS" Name="Microsoft">
<Directory Id="Dir_MSBuildMSWix" Name="WiX">
<Directory Id="Dir_MSBuildMSWix35" Name="v3.5">
<Component Id="WixMSBuildBinaries35"
Guid="2CB1EA5F-2542-4AFF-A05B-FAF576265F89"
Win64="no">
<File Source="WixTasks.dll" Checksum="yes"
KeyPath="yes" Vital="yes" />
</Component>
</Directory>
</Directory>
</Directory>
</Directory>
</DirectoryRef>
Это установит задачу Wix MsBuild (WixTasks.dll) в папку \ Program Files \ MSBuild \ Microsoft \ Wix