Большинство упомянутых вами инструментов так или иначе поддерживают то, что вы хотите.Это действительно зависит от того, что вы хотите использовать.
Если вы хотите бесплатное решение, Wix является лучшим.Настроить с ним необходимые условия не так просто, но это можно сделать: http://wix.sourceforge.net/manual-wix3/install_dotnet.htm
Если вы хотите получить коммерческое решение, я рекомендую Advanced Installer или InstallShield.Вам необходимо приобрести лицензию, но вы можете настроить свой установщик с помощью пары щелчков мыши.
Поэтому вы должны сначала решить, какой инструмент вы хотите использовать, а затем посмотреть, не возникнут ли у вас проблемы.