Убедитесь, что IIS установлен на вашем клиентском компьютере - ваша программа сгенерирует исключение System.Runtime.InteropServices.COME, если оно не установлено.
Это имеет значение, когда вы смотрите на IIS и на удаленной машине, машине, на которой работает ваше приложение, также потребуется IIS.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Кроме того, я недавно обнаружил сборку специально для подключения и настройки IIS7 - Microsoft.Web.Administration. Возможно, стоит посмотреть, есть ли у вас доступ к нему (или вы можете получить доступ, он должен быть на машине с IIS7 в любом случае) и посмотреть, что он может сделать. Боюсь, я не использовал его сам, поэтому я не могу сказать вам, будет ли он делать то, что вы хотите, но это еще один вариант.
Наконец, есть опция сценариев System.Management и WMI.
Dim scope As New Management.ManagementScope("\\" & server & "\root\MicrosoftIISv2")
scope.Connect()
Dim query As New Management.ObjectQuery("select * from IISWebVirtualDirSetting")
Dim searcher As New Management.ManagementObjectSearcher(scope, query)
For Each obj As Management.ManagementObject In searcher.Get()
DoSomethingWith(obj)
Next
Список свойств в obj находится по адресу http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms525005.aspx,, есть также еще несколько различных запросов, которые вы можете выполнить - просто покопайтесь в MSDN, чтобы узнать больше.