На стороне ZeroBrane мало что можно сделать, так как это заблокирует приложение при отладке (при вызове сокета IO), поэтому оно не сможет продолжить обработку вызова. Вы можете отключить / увеличить время ожидания шлюза, используя proxy_{read|connect|send}_timeout
(или, возможно, send_timeout
; я не уверен, какой из них запускается в этом случае).