Ответ:
Эта ошибка возникала при создании непроверенных флажков.
После прочтения другого ответа StackOverflow от Matyas , решение состояло в том, что мне нужно было явно установить значение флажка как не проверено .
Мне удалось проверить решение, просмотрев фактическую структуру PDF. Когда я не устанавливал значение флажка в явном виде, новые флажки, добавленные в PDF, не имели значения / V (независимо от того, установлен этот флажок или нет). Когда я явно установил значение unchecked (что добавляет значение / V к значению / Off), метод выравнивания не удалил флажки.
Пожалуйста, посмотрите обновленный пример в PDFBOX Создание флажка чтобы получить правильную реализацию.