Это, кажется, статистический артефакт экспоненциальной природы логнормального распределения. Обратите внимание на большой разрыв между точками в правой части графика. Интересно, что даже при больших размерах выборки это не очень подходит для визуального соответствия.
Но если вы сначала возьмете логарифм, вы увидите, что точки случайной выборки действительно нормально распределены (в журнале scale).
from scipy import stats
import pylab
import numpy as np
z=np.log(stats.lognorm.rvs(2.5,size=500))
stats.probplot(z,dist=stats.norm, sparams=(0,2.5),plot=pylab)
pylab.show()
Таким образом, программно ваш код SciPy, кажется, работает правильно. По математической причине, вероятно, лучше спросить на https://stats.stackexchange.com/