Вы можете разблокировать данные.
set.seed(1234)
df <- data.frame(var = rnorm(200, 50, 10), gp = gl(2,100))
head(df)
var gp
1 37.92934 1
2 52.77429 1
3 60.84441 1
4 26.54302 1
5 54.29125 1
6 55.06056 1
unstack(df)
X1 X2
1 37.92934 54.14524
2 52.77429 45.25282
3 60.84441 50.65993
4 26.54302 44.97522
5 54.29125 41.74001
6 55.06056 51.66989
И затем построить график.
library(ggplot2)
library(dplyr)
unstack(df) %>% ggplot(aes(x=X1, y=X2)) +
geom_point() +
geom_smooth(method="lm")