Конечно, вы можете использовать:
set syntax=custom_c
Затем будет выполнен поиск файла с именем custom_c.vim
в одном из синтаксических путей.
то есть
~/.vim/syntax/custom_c.vim
Или
~/.vim/after/syntax/custom_c.vim
Ответ здесь действительно хорош, и в целом более подробно.
Где искать в справочной системе:
:help mysyntaxfile
Для автоматизации вы можете использовать автогруппу, чтобы определить, находится ли файл по заданному пути, и соответственно установить настройку syntax=
.