«Нет открытых изображений», ImageJ, python3 - PullRequest
Новая
       20

«Нет открытых изображений», ImageJ, python3

0 голосов
/ 28 февраля 2020

Я сталкиваюсь с досадной проблемой, когда запускаю приведенный ниже код, и мне сообщают: «Нет открытых изображений».

Я использую следующий скрипт python для запуска макроса imageJ: 

IJ.open(fin_fus)
IJ.saveAs("tiff", sav_dir_fu)
IJ.runMacroFile(lord_s_path + "\Macro_All_.ijm", str(ch_no))
IJ.saveAs("tiff", sav_dir_pro)
print("Processing successful")

Я запускаю макрос (ниже, не полностью для упрощения) в режиме без головы, и "Fn" , "ch_no" и "обработка композита" все напечатаны, поэтому я предполагаю, что изображение было найдено, но всякий раз, когда я запускаю это, я получаю "Нет открытых изображений" как ошибка. Кто-нибудь знает, как это исправить? Здесь есть похожие вопросы, но ни один из них не дал ответа, который решил мои проблемы, поэтому заранее извините, если это потенциальное повторение. 

Fn = getTitle()
print(Fn)
ch_no = getArgument()
print(ch_no)
if (is("composite")){
print("processing composite");
//run("Channels Tool...");
Stack.setDisplayMode("color");
Stack.setChannel(1);
run("Red");
Stack.setChannel(2);
run("Green");
Stack.setChannel(3);
run("Magenta");
Stack.setChannel(4);
run("Cyan");
Stack.setChannel(1);
run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");
Stack.setChannel(2);
run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");
Stack.setChannel(3);
run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");
Stack.setChannel(4);
run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");
run("Rotate 90 Degrees Right");
run("Properties...", "unit=um pixel_width=0.3250000 pixel_height=0.3250000 voxel_depth=3.4000000");
...