Построение проблемы стандартного отклонения на оси log10 y - PullRequest
0 голосов
/ 25 марта 2020

Я пытаюсь построить линейный график на ggplot, показывающий стандартное отклонение. Проблема, с которой я сталкиваюсь, заключается в том, что я добавляю панели ошибок, в частности, ymin = AVG-SD. В некоторых случаях SD больше, чем AVG, поэтому он создает отрицательное число, делая NaN, когда берется журнал. Я надеюсь, что у кого-то есть способ помочь с этим?

library(ggplot2)
ggplot(data=`200317...Killing.Persisters...170`, aes(x=Time,y=AVG))+
  geom_errorbar(aes(x=Time, ymin=AVG-SD, ymax=AVG+SD), width=10, color="black", alpha=0.7)+
  geom_point(aes(x=Time , y=AVG, colour=Condition, shape=Condition)) +
  geom_line(aes(x=Time, y=AVG, colour=Condition)) +
  xlim(c(0,400))+
  labs(x="\nTime (mins)", y="\nCFU/mL")+
  scale_y_log10(limits = c(1,1e13), breaks=(c(1,1e2,1e4,1e6,1e8,1e10,1e12)))+
  theme(plot.title = element_text(hjust=0.5))+
  theme(axis.line = element_line(size=0.5, colour = "black"), panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(), panel.border = element_blank(),
        panel.background = element_blank() )+
  theme(plot.title = element_text(face = "bold"))+
  theme(legend.title = element_blank())+
  theme(legend.key=element_blank())+
  geom_hline(yintercept=200, linetype='dotted', col = 'black')+
  annotate("text", x=50, y = 200, label = "Limit of Detection", vjust = -0.5, size=2.5)

Спасибо!

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...