Невозможно быть уверенным в том, что вы получите 100% прав без Java-парсера. Но следующее может быть достаточно близко:
sed -i.bak 's/\\(public\\|private\\|protected\\)\\(.*\\)class/\\1 strictfp \\2 class/g' $file
Я думаю, что у меня все получилось, но я пишу это с Windows-машины и не проверял.
Вышеприведенное сработает, если у вас есть комментарии с «public / private / protected» и «class».