Я сомневаюсь, что вы можете ДОБАВИТЬ версию Swift. Т.е. используйте 5.1 для вашего кода и 3.1 для библиотек. AFAIK, все двоичные файлы должны быть собраны с использованием одного и того же компилятора.
Технически, вы можете ИЗМЕНИТЬ цепочку инструментов. В этой статье показано, как (хотя и не уверен, что в наши дни 3.1 это растягивает):
Средний блог о наборах инструментов Xcode
Однако я сомневаюсь, что вы можете отправлять приложения, созданные с помощью 3.1 в AppStore.
Мне также интересно, если вы действительно хотите попробовать купить это. Если вы используете Swift 3.1, вам может потребоваться связать среду выполнения с вашим приложением. Начиная с одной из последних эволюций iOS, среда выполнения Swift больше не содержит приложений, а зависит от среды ОС.
Удачи в этом деле. Действительно хотите пнуть все вкусности Swift 5.x? ;)