У меня проблема с knitr и ggplot2 в латексе. Я пытаюсь создать динамический c документ с помощью knitr. Все мои сюжеты находятся в ggplot2. Выслушайте меня:
- Я создал латексный документ
- Я открыл его в R Studio и сохранил файл TEX как файл RNW. Глобальные и Проектные параметры: knitr.
- Я вставил туда скрипт R, например:
<<echo=FALSE>>=
knitr::opts_chunk$set(fig.path='graphs/',
echo=FALSE, warning=FALSE, message=FALSE)
@
<<>>=
library(ggplot2)
library(tidyverse)
@
<<plot1>>=
my_data1 <- read.csv(file.choose(), header=TRUE, sep=",")
plot1 <- ggplot(data=my_data1, aes(x = pos , y = sum)) +
geom_line(colour = 'black', size = 1) +
scale_y_continuous(trans = 'log10', limits = c(1,100)) +
theme_classic() +
labs (x = 'axis_name1', y = 'axis_name2') +
coord_cartesian(xlim = c(1219890,1220102)) +
@
Все идет хорошо, кроме графика, который не отображается, когда я нажимаю «Compile PDF» или в каталоге графиков. Однако, когда я выбираю только код R и запускаю его, все в порядке (до тех пор, пока я добавляю print ()). Мне удалось использовать TikZ, который работает просто отлично, но без создания динамического c документа. Я думал, что можно вывести график непосредственно в PDF-документе, но по какой-то причине ggplot2 не работает. Есть что-то, чего мне не хватает?
Спасибо.