Как установить пользовательскую установку R для использования rpy2 в Jupyter?

Question

У меня есть среда conda, которую я сделал доступной как ядро ​​для своего экземпляра Jupyter, запустив: python -m ipykernel install --user --name my-env-name --display-name "Python (my-env-name)"

В этой среде я хотел использовать R в Jupyter, используя преимущества rpy2 * Команда 1005 * для включения %%R волхвов c. Однако rpy2 использует мой глобальный R, а не тот, который установлен в моей среде conda. Я проверил свой дом R по:

%%R
R.home()

(я также могу проверить ситуацию с %run -m rpy2.situation в блокноте Jupyter ( source ), однако, похоже, что он не работает в rpy2 где-то между версиями 3.1.0 и 3.2.1 ... по крайней мере, для меня это бросало UnboundLocalError: local variable 'rpy2' referenced before assignment в 3.1.0, и оно работало для 3.2.1).

Как я могу заставить свой ноутбук Jupyter загружать установку R из моей среды conda?

Answer 1

Существует два подхода для решения этой проблемы: локальный (для отдельных ноутбуков Jupyter) и глобальный (для самого ядра). И то, и другое связано с настройкой переменной среды R_HOME.

Локальный ( источник ): перед вызовом %load_ext rpy2.ipython в записной книжке Jupyter выполните:

import os
os.environ['R_HOME'] = '/home/your/anaconda3/envs/my-env-name/lib/R' #path to your R installation

Global : найдите каталог вашего ядра с помощью: jupyter kernelspec list и отредактируйте файл kernel.json. Обновите JSON, добавив: "env": {"R_HOME":"/home/your/anaconda3/envs/my-env-name/lib/R"}, затем перезапустите ядро ​​(возможно, вам также придется перезапустить Jupyter).