измените перевод на (0,0) вместо (100,100), чтобы увидеть, как фигура сходит с холста.
<svg width="200px" height="200px" viewbox="0 0 200 200">
<defs>
<filter filterUnits="userSpaceOnUse" id="dark" x="0" y="0" width="200" height="200">
<feColorMatrix type="matrix" values="0.2 0 0 0 0, 0 .2 0 0 0, 0 0 0.2 0 0, 0 0 0 1 0" />
</filter>
</defs>
<path transform="translate(0,0)" d="M3.989422804014327,0A3.989422804014327,3.989422804014327,0,1,1,-3.989422804014327,0A3.989422804014327,3.989422804014327,0,1,1,3.989422804014327,0" transform="translate(0,12)" fill-opacity="0.4" fill="hsl(207,59%,56%)" stroke="hsl(207,59%,56%)" filter="url(#dark)" stroke-width="1" stroke-opacity="1" />
<path d="M 10 10 H 90 V 90 H 10 L 10 10" fill-opacity="0.4" stroke="hsl(207,59%,56%)" filter="url(#dark)" fill="hsl(207,59%,56%)" stroke-width="1" stroke-opacity="1"/>
<path d="M 10 10 H 90 V 90 H 10 L 10 10" transform="translate(100,100)" fill-opacity="0.4" stroke="hsl(207,59%,56%)" filter="url(#dark)" fill="hsl(207,59%,56%)" stroke-width="1" stroke-opacity="1"/>
</svg>
Перевод его не меняет того, что он нарисован выше и слева от области фильтра. Мы могли бы переместить фильтр, изменив его значения x и y, чтобы исправить это ...
<svg width="200px" height="200px" viewbox="0 0 200 200">
<defs>
<filter filterUnits="userSpaceOnUse" id="dark" x="-10" y="-10" width="200" height="200">
<feColorMatrix type="matrix" values="0.2 0 0 0 0, 0 .2 0 0 0, 0 0 0.2 0 0, 0 0 0 1 0" />
</filter>
</defs>
<path transform="translate(100,100)" d="M3.989422804014327,0A3.989422804014327,3.989422804014327,0,1,1,-3.989422804014327,0A3.989422804014327,3.989422804014327,0,1,1,3.989422804014327,0" transform="translate(0,12)" fill-opacity="0.4" fill="hsl(207,59%,56%)" stroke="hsl(207,59%,56%)" filter="url(#dark)" stroke-width="1" stroke-opacity="1" />
<path d="M 10 10 H 90 V 90 H 10 L 10 10" fill-opacity="0.4" stroke="hsl(207,59%,56%)" filter="url(#dark)" fill="hsl(207,59%,56%)" stroke-width="1" stroke-opacity="1"/>
<path d="M 10 10 H 90 V 90 H 10 L 10 10" transform="translate(100,100)" fill-opacity="0.4" stroke="hsl(207,59%,56%)" filter="url(#dark)" fill="hsl(207,59%,56%)" stroke-width="1" stroke-opacity="1"/>
</svg>