Вы можете разделить его сразу после первого разбиения и использовать расширение вместо добавления.
f=open("file.txt","r")
lines=f.readlines()
firstCol=[]
for x in lines:
firstCol.extend(x.split(' ')[0].split(','))
f.close()
print(firstCol)
Результат
['a', 'b', 'c', 'd', 'e', 'f']
Или, если вы хотите сохранить первыйCol
f=open("file.txt","r")
lines=f.readlines()
firstCol=[]
for x in lines:
firstCol.append(x.split(' ')[0])
f.close()
one_dimension = []
for col in firstCol:
one_dimension.extend(col.split(','))
print(firstCol)
print(one_dimension)
Результат
['a', 'b', 'c,d', 'e,f']
['a', 'b', 'c', 'd', 'e', 'f']