Вы не можете установить порядок тегов до тех пор, пока тег не будет создан. Ваш код поднимает и опускает теги, которые еще не существуют.
Это можно увидеть, заметив разницу в поведении этого кода:
canvas.setCanvasLayers()
canvas.create_rectangle(10,10,50,50, fill="red", tags=("red",))
canvas.create_rectangle(20,20,60,60, fill="green", tags=("green",))
... и этот код:
canvas.create_rectangle(10,10,50,50, fill="red", tags=("red",))
canvas.create_rectangle(20,20,60,60, fill="green", tags=("green",))
canvas.setCanvasLayers()