Био python, как распечатать только текст последовательности? - PullRequest
0 голосов
/ 14 января 2020

Я хочу поместить список последовательностей в CSV, однако все возвращается как "seq ('DNA sequence')". Как мне распечатать только последовательность NT.

primers = [Seq("CCGCGTTACATAGCATCGTACGCGTACG"),Seq("TGTTTGGTCCTGCCGGCCCTGCCTCAGCCGGATCCATGGTGAGCAAGGG")] # list is made in another function
print(primers)# Prints as "[Seq('CCGCGTTACATAGCATCGTACGCGTACG'), Seq('TGTTTGGTCCTGCCGGCCCTGCCTCAGCCGGATCCATGGTGAGCAAGGG')]"

1 Ответ

4 голосов
/ 14 января 2020

Печать списка объектов Seq() возвращает представление repr(), а не представление str(). Решением является преобразование в str() или печать каждого Seq() объекта в отдельности:

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> s = Seq("CCG")
>>> print(s)
CCG
>>> print([s])
[Seq('CCG')]
>>> print(repr(s))
Seq('CCG')
>>> print(repr(str(s)))
'CCG'
>>> print([str(s)])
['CCG']
>>> print(list(map(str,[s, s])))
['CCG', 'CCG']
...