Если это может кому-то помочь, я решил эту проблему, изменив числа в файлах миграции (01 вместо 1, 02 вместо 2 и т. Д.).
Если нет, sequelize не выполняет файлы миграции в правильном порядке, он переходит с 1 на 10, пропускает файлы с 2 до 9, и это создает ошибки внешних ограничений.