Как отобразить фрейм данных с факторами в средстве просмотра данных R? - PullRequest
Новая
       42

Как отобразить фрейм данных с факторами в средстве просмотра данных R?

0 голосов
/ 05 февраля 2020

У меня есть класс, который содержит фрейм данных, где столбцы являются факторами (из пакета phyloseq). Это выглядит так: 

> str(a)
'data.frame':   124 obs. of  21 variables:
Formal class 'sample_data' [package "phyloseq"] with 4 slots
  ..@ .Data    :List of 21
  .. ..$ : Factor w/ 2 levels "L25","L53": 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 ...
  .. ..$ : Factor w/ 1 level "feces metagenome": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  .. ..$ : Factor w/ 1 level "none": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  .. ..$ : Factor w/ 1 level "not applicable": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  .. ..$ : Factor w/ 1 level "not applicable": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  .. ..$ : Factor w/ 1 level "feces": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  .. ..$ : Factor w/ 2 levels "Germany:Berlin",..: 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 ...
  .. ..$ : Factor w/ 1 level "Mus musculus": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  .. ..$ : Factor w/ 1 level "not applicable": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  .. ..$ : Factor w/ 1 level "none": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  .. ..$ : Factor w/ 1 level "none": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  .. ..$ : Factor w/ 1 level "none": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  .. ..$ : Factor w/ 3 levels "female","male",..: 1 1 1 1 2 2 1 1 3 3 ...

  ..@ names    : chr  "Library" "Organism" "Collection_date" "Env_biome" ...
  ..@ row.names: chr  "285L53" "286L53" "287L53" "288L53" ...
  ..@ .S3Class : chr "data.frame"

Я могу просматривать данные в консоли без проблем, но хотел бы проверить их в средстве просмотра данных. Однако, если я пытаюсь это сделать, я получаю только таблицу, в которой указаны имена столбцов, тип столбца, который является «фактором», и уровни указанного фактора, например: 

Name       Type                               Value
a          List[124x21(phyloseq::sample_data) A data.frame with 124 rows and 21 columns
 Library   factor                             Factor with 2 levels "L25", "L53"
 Organism  factor                             Factor with 1 level: "feces Metagenome"
 etc.

. несколько новичок в R и пробовал следующее: 

View(a@.Data)
View(a)
View(a@.Data[])

Я подозреваю, что мне не хватает знаний о классах S4 и их синтаксисе, можете ли вы дать мне подсказку, как я отображаю фактические данные в Просмотрщике данных?

1 Ответ

0 голосов
/ 05 февраля 2020

Сначала попробуйте изменить объект на датафрейм, а затем применить функцию просмотра 

View(as.data.frame(a@.Data))
...