Вы должны использовать двойные кавычки внутри одинарных кавычек:
folium.Marker([lat,long],popup= ('<a href=\"file:///C:/Users/.../test_doc%23**existing_bookmark**\">test_word</a>',
icon=folium.Icon(color='darkred')).add_to(m)
Общий формат для всплывающего атрибута:
popup='<a href="myurl" target="_blank">mytext</a>',
, где target="_blank"
заставляет браузер открывать URL в новая вкладка.