Лучше всего использовать «плоские буферы с префиксом размера» (см. API для языка, который вы используете), а затем хранить несколько из них последовательно в файле. Это означает, что каждый «пользователь» будет в своем собственном FlatBuffer. При чтении вы можете использовать размер для чтения ровно одного FlatBuffer за раз.