Формат ввода обобщенной модели различий (gdm)

Question

Я использую пакет gdm и попробовал его для bioData, используя формат 1 и 4 в команде formatitepair. Но результаты отличаются, как показано ниже:

формат 1 : матрица для каждого вида

матрица для каждого вида

gdm_input1 <- formatsitepair(bioData = bio1, bioFormat = 1, dist = "jaccard", abundance = FALSE, siteColumn = "site", XColumn = "longitude", YColumn = "latitude", predData = env)

результат 1 formatitepair:

формат результата 1

формат 4 : site-distance таблица

таблица расстояния до сайта

gdm_input4 <- formatsitepair(bioData = bio4, bioFormat = 4, dist = "jaccard", abundance = FALSE, siteColumn = "site", XColumn = "longitude", YColumn = "latitude", predData = env)

результат 2 formatitepair:

Показывает тот же кадр данных, что и мой ввод фрейм данных - таблица расстояния до сайта

Я не понимаю, почему это не сработало.

Answer 1

Причина в том, что для формата 4 требуется не одно значение для сайта, а все возможные сочетания пар сайтов для каждого сайта с каждым другим сайтом !!