Может быть, это может вам помочь:
import matplotlib.pyplot as plt
plt.ion()
fig = plt.figure()
ax = fig.subplots(1, 1)
plt.scatter([1, 2, 3], [1, 2, 3])
while True:
plt.waitforbuttonpress()
break
plt.clf()
ax = fig.subplots(2, 1)
ax[0].scatter([1, 2, 3], [1, 2, 3])
Как только появится первый график, нажмите клавишу на клавиатуре (или нажмите кнопку мыши).