Похоже, что библиотеки не могут извлечь тип файла из вашего файла. Поэтому прежде всего мы должны быть уверены, что файл не поврежден. Следовательно, можете ли вы правильно загрузить данные с помощью такого инструмента, как ITK-SNAP (http://www.itksnap.org)?
Если да, вы можете попытаться определить тип файла самостоятельно в пакет nibabel с помощью функции загрузчика Speci c. Например, вы можете попробовать каждую из следующих функций загрузчика:
img_nifti1 = nib.Nifti1Image.from_filename(file)
img_nifti2 = nib.Nifti2Image.from_filename(file)